Tn-Seq测序
Tn-Seq（Transposon Sequencing）是将全基因组随机转座子插入文库与高通量测序相结合的技术，可一次性评估每个基因在特定生长条件下的必需性，揭示代谢通路、毒力因子与耐药机制。锐志魔方提供 Tn-Seq 建库、测序与数据分析全流程服务。
一、Tn-Seq 原理
将覆盖全基因组的高密度转座子突变体库在特定选择压力（如抗菌药物、宿主环境、限碳/限氮培养基）下培养，通过比较处理组与对照组中各转座子插入读数的丰度变化，判断基因是否必需或是否参与特定表型。插入读数显著减少的基因通常被认为是该条件下的“必需基因”或“关键基因”。
二、Tn-Seq 与传统单点鉴定的区别
| 比较项 | 传统单点插入位点鉴定 | Tn-Seq |
|---|---|---|
| 通量 | 单个克隆逐个分析 | 全文库并行测序 |
| 信息 | 明确外源片段位置 | 定位全部插入位点 + 基因必需性/适应性分析 |
| 成本 | 适合少量突变体 | 适合文库级筛选与机制挖掘 |
| 应用 | 单基因验证 | 全基因组适应度谱、药物靶点发现 |
三、服务流程
- 构建或接收高密度转座子突变体文库；
- 设定选择压力与对照条件，开展竞争性生长实验；
- 提取基因组 DNA，酶切 / 随机打断后回收转座子-基因组连接片段；
- 二代测序与生物信息学分析：插入位点定位、 read 计数、必需性评分；
- 输出候选基因列表与可视化热图 / 通路富集结果。
四、应用场景
- 必需基因与条件必需基因的全基因组鉴定；
- 抗菌药物、消毒剂、胁迫条件下的耐药/敏感基因筛选；
- 宿主-病原互作相关毒力因子挖掘；
- 代谢工程底盘菌株的基因必需性评估与最小基因组设计。